Japangarten
Diese Abteilung enthält eine Sammlung von Pflanzen ostasiatischer Herkunft, die nicht aus den höheren Gebirgsstufen stammen, sondern aus Regionen temperaten Klimas, das dem mitteleuropäischen ähnelt. Spätestens durch die Eiszeiten wurden die dortigen und hiesigen Floren dauerhaft getrennt, so dass sich seither aus einem oft gemeinsamen Ursprung verschiedene, aber verwandte Arten(-gruppen) unter vergleichbaren Bedingungen entwickelt haben.
Hier wachsen selten angepflanzte Gehölze wie die Japanische Sicheltanne (Cryptomeria japonica) aus der Familie der Sumpfzypressengewächse (Taxodiaceae), die Lotus- oder Dattelpflaume (Dyospyros lotus) aus der Familie der Ebenholzgewächse (Ebenaceae), die Orangenkirsche (Idesia polycarpa) aus der Familie der Weidengewächse (Salicaceae) und die 1901 nach Europa eingeführte Kolkwitzie (Kolkwitzia amabilis) aus der Familie der Geißblattgewächse (Caprifoliaceae). Mit dem Dunkelgrünen Schirmbambus (Sinarundinaria nitida) und dem Pfeilbambus (Pseudosasa japonica) sind auch winterharte Arten der verholzenden und sich oft verzweigenden Süßgräser (Poaceae) aus überwiegend tropischen und subtropischen Gebieten vertreten. Die japanische Herbst-Anemone (Anemone hupehensis) blüht vom Spätsommer bis tief in den Herbst hinein. Auch der Strauch mit der leuchtendsten Herbstfärbung des Gartens ist hier zu finden: der Geflügelte Spindelstrauch (Euonymus alatus) aus der Familie der Spindelbaumgewächse (Celastraceae), dessen sperrige Zweige mit korkigen Flügelleisten versehen sind.
Zur Sammlung ostasiatischer Arten zählt auch eine umfangreiche Rhododendron-Sammlung aus rd. 50 Arten und 100 Sorten (Kultivare), die sich über weite Bereiche des Gartens verteilen und dort mit ihren verschiedenen Blühterminen über das gesamte Frühjahr für kräftige Farbtupfer sorgen.
Im Japangerten steht auch das 1939 erbaute niederdeutsche Reetdachhaus, das aufgrund seiner Lage auch kurz "Japanhaus" genannt wird. Es ist ein Zeugnis niederdeutscher Holzarchitektur aus der Zeit vor dem zweiten Weltkrieg, deren Kennzeichen auch Pavillons im Heimatschutzstil mit gerundeten Reetdächern waren. Das im Herzen des Gartens als Wetterschutzhütte erbaute Holzgebäude wurde 2012 grundsaniert und dient heute als Unterrichts- und Seminarraum insbesondere für den Schulunterricht mitten im Botanischen Garten. Sanierung und Neuausstattung wurden wesentlich unterstützt durch den Freundeskreis Botanischer Garten Rostock e.V., die Jahresköste der Kaufmannschaft zu Rostock e.V., das Landesamt für Umwelt, Naturschutz und Geologie Mecklenburg-Vorpommern sowie Barbara und Andreas Plum.